В 1441 году Элинор была обвинена в использовании колдовства против Генриха VI после того, как один из ее сообщников, Джон Хьюм, сделался осведомителем. Элинор призналась в колдовстве, но отрицала обвинение в измене. В качестве наказания ее заставили пройти пешком по Лондону с зажженной свечой, а после заточили до конца жизни на острове Мэн. Поскольку Элинор якобы применила колдовство, дабы обманом заставить жениться на ней, и этот брак Глостера удобно был признан недействительным.

Сообщникам Элинор повезло куда меньше. Марджери Джордемин, которая однажды уже сидела в тюрьме за колдовство, была сожжена как неисправимая еретичка. Томас Саутвелл, священник и лекарь, умер в Тауэре прежде, чем приговор был приведен в исполнение. Роджер Болингброк, священник и известный оксфордский ученый, был повешен и четвертован, после чего его голова была выставлена на всеобщее обозрение на Лондонском мосту.